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アクセスカウンターも設置していますが、カウント数がアクセス解析の数値と違っています。

ログを取得する方式の違いによるものです。
もっとも正確なアクセス数の記録は、webサーバー自身に保存されるアクセスログです。
これはHTMLファイルがそのサーバーから何回発信されたかを確実に計れます。
それに対し一般的なアクセスカウンターやアクセス解析サービスは、訪問した人の数を知ることを目的としますので、そのサービス毎の多重カウント防止仕様等にもより統計結果に食い違いが出ることがあります。