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生ログには存在するログなのに、『リンク』グループ内には反映されていないものがあるようです。

『忍者アクセス解析』では、同日に複数回訪問した方の一番最初のログ(ユニークなログ)が『リンク』グループ(リンク元統計等)の項目内に反映される仕様となっています。
そのため、2回目以降のアクセスはユニークなログではないので『リンク』グループの項目内に反映されません。