スマートフォン用テンプレートにもプラグインは表示されますが、PC用とは別に設定する必要があります。

［デザイン］＞［プラグイン］の［プラグインの設定］ページで、一番下の［プラグインカテゴリー(スマートフォンテンプレート用)］に設定されているプラグインが、スマートフォン用テンプレートに適用されます。