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/ で翻訳したのに /index.html を付けてアクセスすると翻訳していないことになりますが?

忍者翻訳はURL単位で翻訳結果を管理しているので、例えば、

www.ninja.co.jp/ と
www.ninja.co.jp/index.html  は

別物として扱われます。

したがってこの2つのURLが混在している場合は管理者側でリダイレクトしてURLを統一するなどの対策を講じてください。