テンプレートによって、プラグイン1〜5の配置場所や配置数が異なります。
（テンプレートによってはプラグイン1〜3までしか配置場所が設定されていない、という場合もあります）

基本的に2カラムテンプレートは、プラグイン表示の部分にプラグイン1～5を順番に表示します。

3カラムテンプレートは多くの場合、プラグインを1～3、4～5に分けて表示させています。
そのため、プラグインの設定がプラグイン1にしかない場合は、3カラムのテンプレートをダウンロードして設定しても、2カラムしか表示されない、ということが起きます。

プラグインは、特に設定をしていない場合はプラグイン1に設定されています。
3カラムで表示する場合は、テンプレートの説明を確認してプラグインを分けます。

［デザイン］＞［プラグイン］の［プラグインの設定］ページを開き、プラグイン1からプラグイン2〜5に適宜振り分けてください。

2カラム、3カラムのカラム分けは、テンプレートを変更しても自動では行われません。
3カラム表示のテンプレートをダウンロードした後、プラグインカテゴリーの1〜5にプラグインを振り分けることによって表示状態が変わります。
プラグインカテゴリーを変更して調整してください。